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HYPERCHEM
HyperChem, ora disponibile nella versione Windows 8.09, è un programma di modellazione
molecolare 3D. E' dotato di moltissime caratteristiche per la visualizzazione
e l'animazione delle molecole disegnate. Sono, inoltre, possibili calcoli e
rappresentazioni delle meccaniche molecolari. Il programma è dotato di un database
proprietario e si interfaccia completamente con altri programmi a 32 bit.
Il programma è completamente a 32
bit e disegnato appositamente per tutte le versioni di Windows, compreso
Windows Vista. Per un utilizzo ottimale è necessario disporre di un acceleratore
grafico compatibile con OpenGL.
E' disponibile anche
una versione per MacIntosh ed una per Linux..
Queste le caratteristiche principali:
DISPLAY
Rendering choices:
Ball-and-stick
Fused CPK spheres with optional shading/ highlighting.
VDW dots, sticks, sticks and dots;
Cylinders
Ribbon rendering for protein backbones, with optional sidechain display.
3-D Isosurfaces or 2-D contour plots of:
Total charge density
Molecular orbitals
Spin density
Electrostatic potential (ESP) contour plot
ESP mapped onto 3-D charge density isosurface
Isosurface rendering choices: wire mesh, Jorgensen-Salem,
transparent and solid surfaces, Gouraud shaded surface. User specified
grid and isosurface value.
Generate ray-traced graphical images.
During simulations, display and average kinetic, potential, and total
energy, as well as values of user-specified bond lengths, bond angles,
or
torsion angles.
Animate vibrational modes.
CUSTOMIZE and AUTOMATE
Construct custom menus
Automate routine operations with scripts
Send selected data to files or workspace
Add new features as menu items, or run from scripts
INTERFACE and EXTEND
Construct a custom interface to programs written in VB, C/ C++, or
FORTRAN
Send HyperChem results to MS Word or Excel
Interface with other desktop programs. |
PREDICT
Relative stabilities of isomers
Heats of formation
Activation energies
Atomic charges
HOMO-LUMO energy gap
Ionization potentials
Electron affinities
Dipole moments
Electronic energy levels
MP2 electron correlation energy
CI excited state energy
Transition state structures and properties
Non-bonded interaction energy
UV-VIS absorption spectra
IR absorption spectra
Isotope effects on vibrations
Collision effects on structural properties
Stability of clusters
SIMULATE
Docking interactions
Temperature effects on molecular motion
Reactive collisions - record in AVI format for playback
Solvent effects on structure and dynamics
Intermolecular interactions in clusters
SAVE RESULTS
Use Import/Export option to save results of quantum mechanics
calculations or to view results generated by other programs.
Use HyperChem Data to store structures and properties in a custom
molecular database.
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Le principali funzionalità sono:
- Density Functional
Package: motore computazionale di base per la Meccanica molecolare e per
la Meccanica quantistica.
- NMR Simulation: è stato inserito il motore HyperNMR per la simulazione di spettri NMR:
- Database
Package: è stato integrato un completo database molecolare:
- Charmm Protein
Simulations: Chemistry at HARvard using Molecular Mechanics
- Typed Neglect
of Differential Overlap (TNDO)
- Molecules
in Magnetic Fields
- Optimization
of the Geometry of Excited States
- Optimization
of MP2 Correlated Geometries
- New Rendering
of Aromatic Rings: il motore per il rendering degli anelli aromatici è
stato notevolmente migliorato.
- Enhanced
Polymer Builder: per rendere più semplice la costruzione di polimeri.
- Drawing Program: è stato inserito un programma di disegno.
E'
prodotto da HyperCube Inc. nel cui sito è
possibile scaricare il demo della versione 6 valido 20 giorni.
E'
anche prodotta e commercializzata una versione Lite, Hyperchem
Lite, con minori capacità della versione maggiore, le cui differenze,
così come pubblicate nel sito del produttore, sono riportate qui:
The Lite
software has only the general molecular-mechanics method (MM+) and lacks
the other three molecular mechanics force fields, which are specialized
for biological macromolecules, in HyperChem. HyperChem Lite does quantum
mechanics calculations only with the Extended Huckel method (which does
only single-point calculations), but it has an extended parameter set
to cover the entire periodic table except for the actinides and lanthanides.
It will play back Molecular Dynamics snapshot files that are generated
with HyperChem, though it will not generate those files itself; it cannot
do its own dynamics calculations but it can calculate things like energies,
temperatures, distances and angles from the snapshot files that it plays
back
The Lite
software cannot be operated by scripts or external software links as the
regular version can; it does not allow DDE links and therefore will not
work with ChemPlus. It is still easy with HyperChem Lite to save a picture
as a bitmap or metafile to a file or to the Windows Clipboard, and to
import such a picture to other Windows applications. It is possible to
Cut and Paste chemical structures between HyperChem Lite and the Clipboard,
so one can use the Clipboard to transfer structures between HyperChem
and HyperChem Lite. The Lite software can read any .HIN file processed
by a regular version of HyperChem, though it ignores any residue information
that may be in such a file. HyperChem Lite reads only .HIN files, unlike
the regular version which reads a variety of file formats. Other software
(including, of course, the regular version of HyperChem) can be used to
translate other file formats to .HIN files for HyperChem Lite to read.
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E' anche disponibile una versione Student, per studenti iscritti a facoltà universitarie, del tutto simile a
quelal completa, con sole limitazioni al numero di atomi rappresentabili:
Hyperchem è anche disponibile nella versione
4.05 per MacOS, nella versione 1.0 per Linux e in una versione per Ipad e Iphone.
In
Italia Hyperchem è distribuito dalle ditte:
Valutazione: 9/10.
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