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Didattica della Chimica
 
   
 

Molecole in 3D   (Utilizzando MDL ISIS Draw e Chime)

del prof. Roberto Bisceglia

 

Attenzione: i modelli 3D non sono più visualizzabili online in quanto il plugin è obsoleto e non più supportato

 

La modellazione molecolare è una delle applicazioni più interessanti dell'informatica nella scienza chimica.

Nella sezione Software di queste pagine sono descritti alcuni programmi di modellazione molecolare 2D e 3D; alcuni sono programmi professionali di costo elevato, altri come ISIS Draw sono, o almeno erano,di pubblico dominio se utilizzati a scopo di studio e documentazione.

Per la visualizzazione delle molecole così create è necessario un plugin per il browser Internet Explorer.

Il plug-in si chiama Chime™ ed è rilasciato nella versione 2.6 SP5 ufficiale  e consente la visualizzaione di file in formato MDL Molfile (incluso polimeri, Rgroups, 3D), MDL Rxnfile, Brookhaven Protein Databank (PDB), Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ, Gaussian Input, IEMBL Nucleotide Format, RasMol Script File, Mopac Input File, e Chemical Structure Markup Language File.

Visualizza strutture 3D  in differenti formati: wireframe, backbone, sticks, spacefill, ball and stick, ribbons, strands, e cartoons.

Un menù consente all'osservatore di ruotare, ingrandire, spostare, modificarne i colori o il tipo di visualizzazione della molecola e di salvarne una copia o di trasferirla automaticamente nel programma Isis Draw per la rielaborazione.

Il plug-in è, inoltre dotato di un linguaggio script per la definizione dei parametri di visualizzazione.

Il plug-in è liberamente scaricabile a questo indirizzo , è utilizzabile sia nei sistemi Windows™ che Macintosh™ ed è compatibile con il browser Microsoft Explorer >5.x™, ma sembra avere problemi con Mozilla Firefox e con Google Chrome. A questo indirizzo è possibile reperire informazioni su come installare MDL Chime in Mozilla Firefox

Una diversa versione di Chime è stata un tempo prodotta da MDL, poi confluita in altra società che ha smesso di rendere disponibile il plugin. Una versione temporanea è comunque disponibile a questo indirizzo.

Anche ISIS Draw non è più mantenuto, ma nel sito di Biovia è possibile richiedere una copia gratuita del programma. Una copia della versione freeware è disponibile a questo indirizzo.

Per una corretta visualizzazione delle pagine seguenti è, appunto, necessario avere il plug-in installato.

Nelle prossime pagine:

 


 

 


 
Aggiornamento: 17-Lug-2015 17:35
©Didattica della Chimica- http://www.bisceglia.eu/chimica