Didattica della Chimica
Materiali didattici
Esercitazioni di Laboratorio
Sicurezza di Laboratorio
Atomi e Molecole
Studiare la Chimica
Bisceglia.eu
Creare una semplice pagina Web con Chime
Prima di procedere alla creazione di una pagina contenente una semplice molecola visualizzabile con Chemscape Chime, è opportuno ricordare che vi è un sito molto esaustivo i materia ove è possibile reperire manuali, esempi ed informazioni. Il sito è gestito dall'Università del Massachussets ed è reperibile all'Url http://www.umass.edu/microbio/chime .
In particolare è molto interessante la sezione "Programming Chime Web Pages" di Eric Martz.
Molte informazioni ed esempi qui riprodotti sono desunti da quelle pagine.
Per
le molecole complesse è consigliabile l'uso del formato Brookhaven Protein Databank (PDB), che, però, a
differenza di altri programmi ad es. Chem3D pro, non è supportato da Isis Draw.
In locale può essere utilizzato, per molecole semplici, il formato MDL Molfile; su server web pare che
non funzioni.
Per inserire una molecola in una pagina Web sono necessarie poche righe di codice HTML ed un piccolo script; ad esempio per la molecola sotto rappresentata (l'acqua che abbiamo disegnato con Isis Draw), il codice è il seguente:
| <embed width="128" height="128" src="h2o.PDB" name="acqua1" | Richiama il file h20.mol e gli assegna una dimensione di 128x128 pixel ed un nome. |
| script="
background green wireframe 0.3 spacefill 0.6 zoom 150"> |
Script che determina,
semplicemente:
Colore dello sfondo. Rappresenta il legame come un cilindro del diametro indicato. Rappresenta gli atomi come sfere con raggio di 1/250 di Angstrom. Fattore di Zoom |
Volendo rappresentare la molecola con semisfere è sufficiente questo script:
| <embed width="128" height="128" src="h2o.PDB" name="acqua1" | Richiama il file h20.mol e gli assegna una dimensione di 128x128 pixel ed un nome |
| script="
background green spacefill zoom 150"> |
Script che determina,
semplicemente:
Colore dello sfondo. Rappresenta gli atomi come sfere. Fattore di Zoom |
Per far ritornare la visualizzazione alla situazione di partenza è necessario aggiungere uno script di reset, associandolo ad un pulsante:
| <embed type="application/x-spt"width="12" height="12" button="push" target="acqua2" | Definisce l'applicazione e gli assegna una dimensione di 12x12 pixel, un'azione ed un target. |
| script="
reset background green wireframe spacefill zoom 150"> |
Script che determina,
semplicemente:
Reset Riporta alla situazione iniziale. "" "" "" |
Lo script sopra riportato è riferito alla seconda molecola. Per la prima è sufficiente indicare i valori iniziali di wireframe e spacefill.
Chemscape Chime consente diversi controlli con il mouse sulla molecola rappresentata; i principali sono:
| Azione | Windows | Macintosh |
| MENU | Mouse Dx | Tasto premuto |
| Rotazione X,Y | Mouse Sn | - |
| Translazione X,Y | Ctrl-Right# | Command |
| Rotazione Z | Shift-Mouse Dx | Shift-Command |
| Zoom | Shift-Mouse Sn | Shift |
| Aggiornamento: 17-Lug-2015 14:00 |
| ©Didattica della Chimica- http://www.bisceglia.eu/chimica |