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Didattica della Chimica
 
   
 

Disegnare una semplice molecola con Isis Draw

(e relativo rendering 3D)

 

Isis Draw -attualmente è rilasciata la versione 2.5 per Windows- ha un'interfaccia abbastanza semplice. E' costituita da un foglio sul quale diseganre le molecole, da alcuni bottoni rappresentanti strutture cicliche già predisposte e da tools di disegno che comprendono anche diversi tipi di legame.

I menu a tendina si occupano delle diverse funzioni relative ai files, ad alcuni aspetti (ad es. il collegamento ad ISIS/Base e le funzioni stechiometriche), e alla scelta di eventuali modelli. Sono presenti diversi classi di modelli, ad es. tutti gli aminoacidi, gli anelli aromatici, le principali basi, carboidrati, gruppi funzionali orbitali ed altro ancora.

 isis1.jpg (29855 byte)

 

In questi appunti non verranno trattate le funzioni più complesse, ma solo i passi necessari per disegnare una semplice molecola.

Proviamo a disegnare la semplice molecola dell'acqua:

  • Si clicca sul bottone "Atoms" isb1.gif (1030 byte) che fa apparire un menù di scelta degli atomi più frequenti; scegliamo 2 atomi di H ed uno di O e li posizioniamo secondo la geometria ben nota a 105° circa e collegando gli atomi con legami semplici (single bond).

isis2.jpg (19553 byte)

 

  • Si seleziona la molecola con il tool "Lazo" e si passa al menu a tendina "Chemistry" alla voce "3D" e alla sottovoce "Create". Apparirà una finestra nella quale si indichera il range dell'angolo di legame:

 

isis4.jpg (10749 byte)

 

  • Evidenziando ancora la molecola con il "Lazo", attivando la voce del menù a tendina "Chemistry" sottovoce "View Molecule in RasMol" sarà possibile osservare il rendering 3D:

 

isis5.jpg (8440 byte)

 

  • La molecola così creata può essere salvata nel formato proprietario di Draw (.skc), per una successiva rielaborazione, o esportata in uno dei formati consentiti: MDL MOLfile e TGfile.

Nota: questi semplici passi hanno preso in esame solo alcune semplici caratteristiche di Isis Draw, tralasciando quelle più complesse. Anche la lunghezza del legame H - O (0.96 Å) non è stata correttamente considerata.

Aggiornamento

Come detto nella pagina precedente, Isis Draw non è più rilasciato. Tuttavia, con un po' di buona volontà, è possibile reperirne una copia in qualche sito.

L'evouzione di Isis Draw è Accelrys Draw che, pur con una interfaccia leggermente modificata e più attuale, sostanzialmente fa le stesse cose. Il programma è disponibile gratuitamente, in modalità academic, nel sito: http://accelrys.com/resource-center/downloads/freeware/. Nello stesso sito è disponibile il plugin Chime.

 

 

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Aggiornamento: 17-Lug-2015 17:38
©Didattica della Chimica- http://www.bisceglia.eu/chimica