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Disegnare una semplice molecola con Isis Draw(e relativo rendering 3D)
Isis Draw -attualmente è rilasciata la versione 2.5 per Windows- ha un'interfaccia abbastanza semplice. E' costituita da un foglio sul quale diseganre le molecole, da alcuni bottoni rappresentanti strutture cicliche già predisposte e da tools di disegno che comprendono anche diversi tipi di legame. I menu a tendina si occupano delle diverse funzioni relative ai files, ad alcuni aspetti (ad es. il collegamento ad ISIS/Base e le funzioni stechiometriche), e alla scelta di eventuali modelli. Sono presenti diversi classi di modelli, ad es. tutti gli aminoacidi, gli anelli aromatici, le principali basi, carboidrati, gruppi funzionali orbitali ed altro ancora.
In questi appunti non verranno trattate le funzioni più complesse, ma solo i passi necessari per disegnare una semplice molecola. Proviamo a disegnare la semplice molecola dell'acqua:
Nota: questi semplici passi hanno preso in esame solo alcune semplici caratteristiche di Isis Draw, tralasciando quelle più complesse. Anche la lunghezza del legame H - O (0.96 Å) non è stata correttamente considerata. AggiornamentoCome detto nella pagina precedente, Isis Draw non è più rilasciato. Tuttavia, con un po' di buona volontà, è possibile reperirne una copia in qualche sito. L'evouzione di Isis Draw è Accelrys Draw che, pur con una interfaccia leggermente modificata e più attuale, sostanzialmente fa le stesse cose. Il programma è disponibile gratuitamente, in modalità academic, nel sito: http://accelrys.com/resource-center/downloads/freeware/. Nello stesso sito è disponibile il plugin Chime.
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