Avogadro: un semplice programma per disegnare molecole

Nel mio sito sulla Didattica della Chimica avevo, molti anni fa, recensito Avogadro, un semplice programma per disegnare molecole. Alla pagina avevo inserito un semplice screencast che mostrava la semplicità d’utilizzo del tool. Purtroppo si basava su Java script e Adobe Flash, per cui non è più visibile: lo riporto, aggiornandolo, in questa “pillola”.

Non è più solo il più famoso chimico italiano Amedeo, ma ora è anche un software per la modellazione molecolare.

Avogadro è un progetto open source multipiattaforma nato da poco tempo nell’ambito del progetto Open Molecules e giunto, ad oggi alla versione 1.20.

Avogadro, come è detto, è multipiattaforma ed è quindi disponibile per ambienti Windows, MacOS X e Linux. Anzi, nasce proprio come applicazione Linux, per cui il porting in ambiente Windows denuncia in alcuni momenti una certa instabilità. Ma stiamo parlando ancora di una versione beta.

Per ora il programma è disponibile in italiano, oltre che in altre lingue.

Avogadro consente di disegnare molecole semplici e complesse con una notevole velocità di esecuzione e con una buona semplicità d’uso. Le molecole possono essere rappresentate in diversi modi, come ad esempio “balls & sticks”, orbitali, sfere di Van der Waals, superfici, anelli, legami ad idrogeno.  E’ disponibile una vasta scelta di frammenti, i principali dei quali sono disponibili subito in un menu a tendina, con la possibilità di scegliere legami semplici, doppi e tripli.

Le molecole create possono essere manipolate a piacere, possono essere lette le distanze interatomiche, orientati gli angoli di legame, definiti con precisione i centri delle stesse.

Alcune estensioni consentono di produrre animazioni su percorsi personalizzati, ottimizzare la geometria e calcolare le energie.

Le molecole possono essere salvate in diversi formati, compresi i più noti come PDB, MDB, Gaussian e possono essere esportate in formato grafico JPG, PNG e BMP.

Per quanto riguarda l’importazione il programma si basa su Open Babel in grado di leggere e convertire oltre 80 formati.

Trattandosi di un prodotto aperto, Avogadro consente a sviluppatori di creare dei plugin per diverse funzioni.

Avogadro, disponibile per il download e informazioni al sito https://avogadro.cc  sembra un prodotto molto interessante, considerata la sua completa gratuità e per le notevoli potenzialità.

Cliccando sull’icona qui sotto si visualizzerà un breve webcast, fatto con la versione 0.81 in inglese,con la costruzione di semplici molecole.

 

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